Da es sich beim Lichtkornroggen® um eine offenbestäubende Population mit einer relativ breiten Heterogenität handelt, die aufgrund der Registrierung als Erhaltungssorte möglich ist, setzt hier auch die weitere züchterische Bearbeitung an.
Veränderte Klimabedingungen, die vor allem duch extreme Situationen gekennzeichnet sind (längere Trockenheiten, nässere Winter, aber auch mal extreme Kälteeinbrüche oder heftige Niederschläge) führen beim Roggen zu stärkerem Krankheitsdruck mit Rostpilzkrankheiten (hitzebedingt) und Mutterkorn (Nässe in der Blütezeit).
Dementsprechend wird in der Einzelpflanzenselektion im Lichtkornroggen-Zuchtgarten auf die deutlich anfälligeren Pflanzen verzichtet.
Dieser Vorgang ist ein sukzessiver Prozess, der sich über mehrere Pflanzengenerationen (Jahre) hinzieht und zu einer allmählichen Verbesserung der Widerstandsfähigkeit führt.
Er wird begleitet von der ständigen Prüfung auf das Ertragsniveau der Nachkommenschaften, um zu schwach werdende Linien aussondern zu können.
Rückblickend hat sich dabei eine Ertragssteigerung von durchschnittlich 1% im Jahr ergeben. Also 10% in zehn Jahren, was anhand von in der Genbank Gatersleben in größeren Zeitabständen eingelagerten Mustern veranschaulicht werden konnte.
Parallel wird in der Entwicklung auf ein Gleichgewicht zwischen einer nur auf Ertrag fokussierten Auslese und einer Steigerung der Bildekräftequalitäten hinsichtlich einer Bekömmlichkeit neben dem Erhalt erforderlicher Verarbeitungsparameter (Stärkeverkleisterung) geachtet. 
Die züchterische Weiterbearbeitung beim Winterroggen ist also ein steter Prozess, der Geduld, Ausdauer und konsequentes Handeln in der Selektion erfordert, wobei die Anzahl der weitergeführten Individuen ausreichend groß sein muss, um Inzuchtdepressionen vorzubeugen.

Ein kurzes Video über die Selektion bei der Erhaltung von Lichkornroggen®: